１ 国際機関との連携
世界保健機関西太平洋事務局（WHO・WPRO）は、各国の保健人材育成を目的として専門家育成研修プログラムを実施している。日本で研修プログラムを行う場合、厚生労働省がWHO・WPROからの受入れ依頼を受け、国際厚生事業団がフェロー受入れ手続きや連絡調整を行い、研修実施機関が研修プログラムの実施をしている。
（1）WHOフェロー研修プログラム（ベトナム）
2006年1月9日～20日に、保健人材育成と医療人材養成を学ぶことを目的として、ベトナム保健省等から10名のフェローが来日した。当センターは研修プログラムの一部を担当し、1月12日に、日本の卒前医学教育改革や卒後研修システムに関する講義、医療人材養成改善に向けた討論、東京大学附属病院の見学を実施した。
（2）WHOフェロー研修プログラム（中国）
2008年10月20日～25日に、遠隔地における医学教育の運営システムを学ぶことを目的として、中国から4名のフェローが来日した。当センターは全研修プログラムの実施を担当し、10月21日～24日に、保健医療者のための遠隔教育の概要、遠隔教育のための情報技術、遠隔教育プログラムの評価などについての講義や討論を実施した.
２ 文部科学省による事業
（1）平成18年度「国際協力イニシアティブ」拠点システム構築事業
国際協力イニシアティブは、大学などにおける教育上の知見・経験の整理・蓄積を行うとともに、教育協力モデルの作成等を行うことで、開発途上国における基礎教育開発を支援することを目的として、平成15～18年度に文部科学省が助成を行った事業である。当センターは、平成18年度「国際協力イニシアティブ」拠点システム構築事業を受託し、インドネシアにおいて以下の調査を実施した。
① 内容：インドネシアにおける地域医療推進のための医学教育のあり方について、カリキュラム、運営組織、政策の面から考察と解析を行う。
② 調査期間：2007年2月11日～16日
（2）新世紀国際教育交流プロジェクト・行政官受入事業
意見や情報の交換、視察等の機会提供を目的として、教育等の分野の行政官等を諸外国から招聘する文部科学省の事業である。当センターは、本事業を受託し、カブール医科大学よりObaidullah Obaid学長を2006年2月25日～3月4日の間に招聘した。
３ 学内資金
（1）海外学術交流拠点設置・運営経費助成
アフガニスタン（2005年9月～2008年3月）：カブール医科大学に東京大学医学教育共同研究センターを設立した。同センターは、JICA医学教育プロジェクトと相互補完しながら機能した。
（2）教育研究事業 （2007年4月～2010年3月）
ラオス、インドネシア等での医学教育国際協力支援プロジェクトを推進、展開するための教育研究事業費の助成を本学より受けた。